Muzeum Przyrodnicze mieści się na parterze dworu. Obecna ekspozycja pod tytułem „Chrońmy ptaki” prezentuje gatunki rodzime, gniazdujące na terenie naszego kraju. Wystawa składa się z kilku działów. Przedstawia m.in. stopień zagrożenia niektórych gatunków w skali Polski, uwzględnia podział pod względem zasiedlanych środowisk: ptaki lasów liściastych, iglastych, pól i zagajników, ptaki wód śródlądowych i mórz. Prezentowane są również ptaki łowne oraz ptaki Arboretum. Barwna plansza ukazuje bogactwo ptaków żyjących w ogrodzie. Wystawa przedstawia również praktyczne sposoby ochrony ptaków poprzez pokazanie przykładowych karmników, poideł i budek lęgowych. Na wystawę oprócz eksponatów składają się również rysunki Władysława Siwka – wybitnego rysownika naturalisty. Dużo uwagi poświęcono praktycznym sposobom ochrony ptaków. Warto zwrócić uwagę, że większość prezentowanych eksponatów pochodzi ze starych kolekcji, obecnie na wystawach prezentuje się barwne fotografie ptaków. Preparuje się jedynie ptaki padłe w sposób naturalny lub też zabite przez samochody, porażone prądem elektrycznym itp.
Wystawa ornitologiczna została przygotowana przez Arboretum.
Arboretum prowadzi stałą współpracę z Muzeum Przyrodniczym Instytutu Systematyki i Ewolucji Zwierząt w Krakowie.
Muzeum Przyrodnicze – wystawy stałe
– „Chrońmy ptaki”– wystawa ornitologiczna
– „Chrząszcze” – wystawa entomologiczna
– Motyle nocne z Pogórza Przemyskiego (dni robocze 9.00–14.00, tylko po wcześniejszym uzgodnieniu)
– Wystawa dendrologiczna: szyszek ze zbiorów prof. Jerzego Tumiłowicza, przekrojów drewna i jego skamielin (dni robocze jw.)
– Wystawa owoców i nasion zebranych w Arboretum (dni robocze jw.)
– „Drzewa, ogrody i dwory” – wystawa fotograficzna jest wynikiem prac badawczych prof. Jerzego Pióreckiego prowadzonych na przełomie XX/XXI w. (dni robocze jw.)
– „Drzewa pomniki przyrody Ziemi Przemyskiej” – teka rysunków Aleksandry Wachniewskiej artystki malującej głównie pejzaże ukazujące przyrodę, najczęstszym motywem jej obrazów były drzewa (dni robocze jw.)
– „Cztery pory roku w Arboretum” – multimedialna wystawa fotograficzna autorstwa Narcyza Pióreckiego